Dr. Mustafaj ka mbaruar studimet për Mjekësi të Përgjithshme në vitet 1988 – 1993 në Universitetin e Tiranës, Fakulteti i Mjekësisë.
Gjatë viteve 1996 – 1999 Dr.Mustafaj ka kryer specializimin si Mjek/Kirurg i Përgjithshëm në Fakultetin e Mjekësisë, Tiranë. Ndërsa në vitet 2005 – 2006 ka kryer kualifikimin si Mjek Urolog në Qendrën Spitalore Unversitare “Nënë Tereza”, Tiranë.
Dr. Astrit Mustafaj përgjatë 20 viteve të fundit si Mjek Kirurg Urolog ka ofruar kujdesin e personalizuar mjekësor dhe kirurgjikal të mijëra pacientëve në fushën e sëmundjeve të traktit urinar. Ekspertiza e tij është shtrirë që nga konsultat e deri te trajtimi kirurgjikal për gjithë gamën e sëmundjeve urinare.
Që prej vitit 2004 – 2005 punon si Mjek Kirurg i Përgjithshëm në Spitalin Universitar Qëndror të Ushtrisë, Tiranë. Nga viti 2006 e në vazhdim ka punuar si Mjek Kirurg Urolog në Spitalin Universitar të Traumës, Tiranë.
Ka kryer trajnime të ndryshme në Gjermani, Itali, Gjeorgji dhe Armeni. Pjesëmarrës & Autor i disa punimeve në aktivitete shkencore kombëtare dhe ndërkombëtare.
Aktualisht, Dr. Astrit Mustafaj ushtron profesionin e tij si Mjek Kirurg në Shërbimin e Urologjisë pranë Spitalit Katolik Zoja e Këshillit të Mirë.